半夜三更喝水的危害主要与以下几个方面有关：

睡眠中断：喝水可能导致因为上厕所而中断睡眠。频繁的夜间尿意可能会影响深度睡眠，导致第二天疲劳和注意力不集中。

肾脏负担：晚上睡觉时，身体的新陈代谢相对较慢，肾脏的排尿功能也相对减缓。大量饮水可能增加肾脏的负担，尤其是对于本来就有肾脏问题的人。

胃酸增加：在夜间，胃酸分泌相对较高，尤其是在进食后。大量喝水可能导致胃液稀释，使得胃酸浓度下降，从而影响食物的正常消化。

心脏负担：对于有心血管疾病或高血压的人来说，夜间喝水过多可能导致体液过量，增加心脏的负担。

水中毒：尽管发生水中毒的情况较为罕见，但过量的饮水可能在极端情况下导致电解质紊乱，进而影响神经和肌肉功能。

总的来说，夜间适量的饮水通常是可以接受的，但要避免过量饮水，特别是对于已经存在健康问题的人。如果你有特殊的健康状况，建议咨询医生的意见，以确定适合你的饮水量和时间。